La Fondation pour la recherche stratégique est administrée par un Conseil comprenant des membres désignés par les fondateurs, des membres de droit représentant certains ministères et des membres cooptés en raison de leurs compétences dans le domaine d'activité de la Fondation.
| M. Bruno RACINE | Président |
| M. Laurent COLLET-BILLON | Vice-Président |
| Mme Dahlia KOWNATOR | Trésorière |
| M. Hervé de BONNAVENTURE | Conseiller Défense, MBDA |
| M. Charles EXPERTON | Chef du Cabinet du PDG, DASSAULT AVIATION |
| M. Sébastien GUEREMY, | Directeur stratégique, THALES |
| M. Xavier PAÏTARD | Conseiller Défense pour la Stratégie et les Affaires publiques, AIRBUS |
| M. Philippe SANSY | Directeur Adjoint des Applications Militaires, CEA |
| M. Brice LAMOTTE, Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation | |
| M. Bruno RACINE, Ministère de l'Education Nationale | Président |
| Mme Claude-France ARNOULD, ancien ambassadeur, ex directeur exécutif de l’Agence européenne de défense | |
| M. Laurent COLLET-BILLON, ancien Délégué Général pour l’Armement | Vice-Président |
| Mme Marie-Pierre van HOECKE | |
| Mme Dahlia KOWNATOR, Fondatrice et directrice d’un cabinet de conseil | Trésorière |
| M. Philippe STEININGER, Conseiller militaire du président-directeur général, CNES |
En application de l'article 8 de ses statuts, la FRS bénéficie de l'expertise d'un Comité scientifique, composé de personnalités qualifiées par leurs travaux et leur expérience dans les différents domaines abordés par ses chercheurs, et présidé par le Président du conseil d'administration.
| M. Benoît d’ABOVILLE | Ancien représentant permanent de la France à l’OTAN |
| M. Bernard BAJOLET | Ambassadeur de France |
| M. Jacques BATTISTELLA | ex PDG CILAS |
| M. Didier CASTRES | |
| M. Laurent COLLET-BILLON | ex Délégué Général pour l’Armement |
| Mme Frédérick DOUZET | Professeure Paris VIII |
| Mme Claire DUPAS-HAEBERLIN | Directrice Honoraire de l’ENS Paris-Saclay |
| M. Jean-Vincent HOLEINDRE | Professeur de Science Politique Université Paris II |
| Mme Alexandra de HOOP SCHEFFER | Directrice de la German Marshall Fund of the United States, Paris |
| Mme Dominique LEGLU | Directrice des rédactions de Science & Avenir, La Recherche |
| Sir David OMAND | Visiting Professor, King’s College, Londres |
| M. Bruno RACINE | Président de la FRS |
| Mme Natalie TOCCI | Directrice de l’Istituto Affari Internazionali, Rome |
| M. Jacques TOURNIER | Cour des Comptes |
| Mme Isabelle WERENFELS | Directrice de la Division Proche/Moyen Orient et Afrique, Stiftung Wissenschaft und Pokitik, Berlin |
